Akciğer kanseri tanı ve tedavisine yönelik yazılım geliştirilecek

Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın yürütücülüğünü yaptığı, “Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri İçin Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi” başlıklı proje Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) Araştırma Destek Birimi (ARDEB)  Hızlı Destek Programı kapsamında desteklenmeye uygun bulundu. Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek başarılar diledi.

Araştırma ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Tek hücre RNA sekanslama yöntemleri genellikle transkripte olan genlerin 3’-UTR ucunun yakalanarak sekanslanması prensibine dayanmaktadır. Bu sayede elde edilen sekans okumaları genin ekspresyon seviyesini ölçmede kullanılırken potansiyel olarak genin hangi transkript izoformunun daha aktif olduğu bilgisini de verebilmektedir. Buna ek olarak KHDAK tümör tek hücre transkriptom profilleri bugüne kadar tümöre özgü PA noktalarının incelenmesine konu olmamıştır. Bu bakış açısı ile tek hücre RNA sekanslama verilerinin tekrar biyoinformatik incelemeden geçirilmesi gerekmektedir” dedi.

Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Tek hücre sekanslama çalışmalarıyla oluşan birden fazla veri setinin entegrasyonu ile tümör hücrelerinin normal hücrelerle karşılaştırmalı analizi sonucu poliadenilasyon noktalarının belirlenmesi ve tümöre özgü profillerinin çıkarılması henüz KHDAK için gerçekleştirilmemiştir. Bu proje ile akciğer kanseri tek hücre araştırmalarında mevcut olan bu eksiklik giderilmeye çalışılacaktır. Tek hücre tümör transkriptom profilleri bazında alternatif poliadenilasyon kullanımının hasta prognostik verileri ile ilişkilendirilmesini içeren bir çalışmaya henüz literatürde rastlanmamıştır. Bu çalışma ile alternatif poliadenilasyon kullanımının tümör prognostik veriler ile ilişkisi incelenerek uzun dönemli hayatta kalıma (long-term survival) etkisi incelenecektir” diye konuştu.

Tümör hücrelerinin profilleri belirlenecek

Projenin amacı ile ilgili detayları da paylaşan Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Bu proje ile önceden üretmiş olduğumuz ‘endSeqTools’ isimli biyoinformatik aracımızı APA takasları için istatistik testleri de yapabilir şekilde tek hücre sekanslama verilerine de uyarlayarak yeni bir yaklaşım gerçekleştirecektir. Tek hücre sekanslama verileri hücre türüne özgü alternatif poliadenilasyon noktası profillerinin çıkarılmasına ve bu profillerin fonksiyonel olarak çalışılabilmesine olanak sağlayabilir. Bu araştırmanın temel amacı tek hücre transkriptom verileri kullanılarak normal hücrelerden farklı olarak KHDAK tümör hücrelerine özgü 3’-UTR kullanımı ve alternatif poliadenilasyon noktalarının belirlenmesidir. Bu amaçla önceden yayınlanmış çalışmalardaki akciğer kanseri tek hücre RNAseq verileri elde edilecek ve bu amaç için yeniden dizayn edeceğimiz biyoinformatik aracımız ile tümör hücrelerinin poliadenilasyon profilleri belirlenecektir. Malignant olmayan normal hücrelerin profilleri ile karşılaştırmalı analizler sayesinde tümör hücrelerinin kullanmış olduğu alternatif poliadenilasyon noktaları istatistiki testler ile tespit edilecek ve ilgili genlerin biyobelirteç olma potansiyelleri incelenecektir” dedi.

 

Kaynak: (BYZHA) Beyaz Haber Ajansı